Nach den Befunden einer Ausgrabung von 1948/50 kann für den Urbau der Kirche Alt-St. Thomä (Schiefer Turm) noch die Karolingerzeit angenommen werden. Es war eine einschiffige rechteckige Saalkirche. Eine größere Kirche, die in wesentlichen Teilen noch im heutigen Bau nachweisbare romanische Basilika, entstand kurz nach 1180. Sie wurde in einer Urkunde von 1203 erstmals erwähnt. In der Zeit zwischen 1230 und 1300 wurde fast ohne Unterlass an der Kirche an- und umgebaut.
Die Auswirkungen der Soester Fehde und des Dreißigjährigen Krieges führten zum Verfall der Kirche. Die Gemeinde hatte nicht mehr das Geld, um eine Sanierung zu bezahlen. Sie erwarb stattdessen 1851 die Minoritenkirche (Neu-St. Thomä) und zog um. 1868/69 kaufte der preußische Staat das Gebäude, renovierte es und übergab es der Reformierten Gemeinde.
Am 7. März 1945 wurde die Kirche durch Bomben schwer getroffen. Der Wiederaufbau begann erst 1963. Allerdings wurde das Innere nur teilweise in Stand gesetzt. Eine im Stadtbild weithin sichtbare Besonderheit weist der 1653 nach einem Blitzschlag erneuerte Turmhelm auf. Er ist stark nach Südwesten geneigt bzw. krumm. Daher wird er im Volksmund nur „Schiefer Turm“ genannt. Lange Zeit wurde angenommen, der Turm sei absichtlich gegen die Westwinde errichtet. Ein Gutachten aus dem Jahre 1984 nennt aber als Hauptgrund Fäulnis im Kehlgebälk. Diese Klärung wird in der Öffentlichkeit jedoch kaum zur Kenntnis genommen, die alte Deutung ist den Soestern „sympathischer“.
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